A kormányátalakítások során több kormánybiztostól is megvonták tisztségüket, így Baán Lászlót is felmentették 2012. július 27-én kormánybiztosi tisztéből augusztus 31-i hatállyal. Az EMMI nyilatkozatban közölte, hogy továbbra is számítanak Baán munkájára, miniszteri biztosi kinevezése azonban csak később (októberben) történt meg – az általában hat hónapra szóló kinevezést azóta folyamatosan hosszabbítják.