Az új rendszerben a korábbi 19-hez képest 9 kollégium, 152 fő helyett 74 dönt a pályázatokról. Az eddigi egy (a szépirodalmi) helyett az irodalom támogatásáért három különböző kollégium felel majd (a könyvkiadás, a folyóiratkiadás, valamint a szépirodalom és ismeretterjesztés kollégiumai).
Az új kollégium felállások heves vitákat váltott ki azok látványos kiegyensúlyozatlansága. Miközben a kuratóriumi tagok fele miniszteri megbízott, másik fele a szakmai javaslatok alapján választódott ki, az irodalomi területekért (is) felelős kollégiumok több delegáltja leginkább L. Simon László NKA-alelnök egykori szervezete, a Magyar Írószövetségből, vagy annak környezetéből kerül ki. Ennek következtében a többi írószervezet jelöltje kiszorul a kollégiumokból.
Az NKA esetében további nehézséget okoz, hogy az elvben független finanszirozási alap jelenlegi elnöke az emberi erőforrások minisztere (Balog Zoltán), alelnöke pedig a Parlament Kulturális és Sajtóbizottságának kormánypárti elnöke, aki korábban kulturális államtitkárként is tevékenykedett. Ezek a politikai kötődések erősen vitathatóvá teszik az Alap valódi függetlenségét.
Ugyanakkor párhuzamosan az MMA megerősödésével, informális és nyilvános keretek között egyre gyakrabban beszélnek az NKA MMA általi bekebelezéséről, átvételéről. Bár ez még nem valósult meg, tény, hogy 2013-tól a legtöbb bizottságban megjelennek az MMA képviselői.